このページでは、連続弾性体AFMシミュレータFemAFMの特徴をご説明致します。
下の「FemAFM」という文字をクリックすると、FemAFMソルバの各計算モードを説明したページへジャンプします。

特徴は、... 試料および探針を連続弾性体モデルで近似して、AFMシミュレーションを行います。 試料および探針のそれぞれを単一の材質からなる連続弾性体と見なし、それらの間にファンデルワールス力が働くと仮定して、 弾性方程式を数値的に解くことにより、試料・探針の形状変化を再現します。 また、粘弾性を持つ試料と探針の接触の様子をシミュレーションし、フォースカーブを求めることも可能です。 試料として、高分子・ソフトマター・有機化合物・金属・半導体・無機化合物が適用できます。

上記のシミュレーションを実行する場合、試料の形状を表現するデータが必要となります。
様々なたんぱく質の形状データが、pdb形式と呼ばれるファイルで、Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do から提供されています。
これを利用すると、簡単にシミュレーションが実行可能です。

自分の目的に合ったシミュレーションが見つからない場合は、あるいは、試料の形状データをどうやって準備したら良いか分からない場合は、こちらまでメールでご連絡ください。
なお、このメールには、お客様がどの箇所でつまづいたかを識別するための記号が、「件名」に挿入される仕組みとなっております。

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