連続弾性体AFMシミュレータ: FemAFM

このページでは、連続弾性体AFMシミュレータFemAFMの計算モードの一つである、粘弾性接触解析モード(femafm_JKR)をご紹介致します。
各計算例を示した項目にリンクが張られています。
そのリンクをたどると、使い方を示した動画やソフトウェアの使用手順を書いた書類を利用することが出来ます。
また、様々な入力パラメータが書き込まれているprojectファイルも、編集画面を通して自由に変更可能です。
試料の形状データをご自分で用意される際の方法は、[試料の形状データの用意の仕方]に記述してあります。
これらの資料を使って、FemAFMの使用の手助けとして下さい。

粘弾性接触解析モード(femafm_JKR)

探針-試料間の粘弾性接触力学をシミュレーションするモードです。
試料表面上のある一点で、探針を垂直方向にゆっくり移動させ、探針を試料表面のごく近くまで接近させ、また引き離します。
探針が試料表面に接触する、凝着力によって試料と強く接着する、試料外部に押し戻される、試料表面から離脱する、という一連の過程をシミュレートします。
探針先端部が試料から受ける凝着力を、探針-試料表面間距離の関数としてグラフにプロットする(フォースカーブ作成)ことができます。

[具体的な使用例]　以下のリストから、ご自分の目的に近いと思われるものを、お選びください。

粘弾性のあるSi(001)表面に探針が凝着する際の、探針の垂直方向の変位、および、探針の感じる外力の時間変化シミュレーション(ばね定数が小さい場合)

粘弾性のあるSi(001)表面に探針が凝着する際の、探針の垂直方向の変位、および、探針の感じる外力の時間変化シミュレーション(ばね定数が大きい場合)

[試料の形状データの用意の仕方]
上記のシミュレーションを実行する場合、試料の形状を表現するデータが必要となります。
様々なたんぱく質の形状データが、pdb形式と呼ばれるファイルで、Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do から提供されています。
これを利用すると、簡単にシミュレーションが実行可能です。
探針・試料の形状データについてのさらに詳しい内容はこの部分にまとめられています。
Protein Data Bankで計算したい試料が見つからない、或いは、試料の形状データの用意の仕方が分からない場合は、下のメールフォームからメールでご連絡下さい。

[ドキュメント類]

FemAFMの、粘弾性接触解析モード(femafm_JKR)でのシミュレーションの具体例が、「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、この部分にまとめられています。

FemAFMの、粘弾性接触解析モード(femafm_JKR)での数値計算パラメータ設定の詳細が、「SPMシミュレータ・リファレンスマニュアル」の、この部分にまとめられています。

FemAFMでの粘弾性接触解析の一般論に関する説明が、「SPMシミュレータ・ガイドブック」の、この部分にまとめられています。

FemAFMの、粘弾性接触解析モード(femafm_JKR)の技術的な詳細に関する説明が、「SPMシミュレータ・ガイドブック」の、この部分、および、この部分にまとめられています。

上記の具体的な使用例のリストの中に、自分の目的に合ったものが見つからない場合は、こちらまでメールでご連絡ください。
なお、このメールには、お客様がどの箇所でつまづいたかを識別するための記号が、「件名」に挿入される仕組みとなっております。