分子動力学AFM像シミュレータ: MD

このページでは、分子動力学AFM像シミュレータMDの計算モードの一つである、高さ一定モード(ConstZ)をご紹介致します。
各計算例を示した項目にリンクが張られています。
そのリンクをたどると、使い方を示した動画やソフトウェアの使用手順を書いた書類を利用することが出来ます。
また、様々な入力パラメータが書き込まれているprojectファイルも、編集画面を通して自由に変更可能です。
また、ご自分で探針・試料の構造データを用意する方法へのリンクも張られています。
これらの資料を使って、MDの使用の手助けとして下さい。

高さ一定モード(ConstZ)

高さ一定で探針をスキャンさせます。
その際の、探針が感じる力をプロットして、AFMシミュレーション画像と見なします。
入力データ内で、原子の配置を指定する段階で、固定する原子と、動かす原子を指定し、緩和計算を実行することが可能です。
試料分子の変形を予測し、その結果がAFMシミュレーション画像に反映されます。
温度パラメータを考慮した緩和計算が行われます。

[具体的な使用例]　以下のリストから、ご自分の目的に近いと思われるものを、お選びください。

高さ一定モードAFMでHOPG基板上のbenzeneを走査したときのz方向の力

高さ一定モードAFMでHOPG基板上の蟻酸を走査したときの力

[探針・試料データを作成する方法]

SetModel, ChemSketch: 探針・試料データ作成ソフト

探針・試料の形状データについてのさらに詳しい内容は この部分 にまとめられています。

[ドキュメント類]

• MDのシミュレーションの具体例が、「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、 この部分 にまとめられています。
• MDの数値計算パラメータの詳細が、「SPMシミュレータ・リファレンスマニュアル」の、 この部分 にまとめられています。
• MDの技術的な詳細に関する説明が、「SPMシミュレータ・ガイドブック」の、 この部分 にまとめられています。

上記の具体的な使用例のリストの中に、自分の目的に合ったものが見つからない場合は、こちらまでメールでご連絡ください。
なお、このメールには、お客様がどの箇所でつまづいたかを識別するための記号が、「件名」に挿入される仕組みとなっております。

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