高速相互予測AFMシミュレータ: GeoAFM


先端が二股になっている不完全な探針を使った、GroEL(シャペロニン)の、AFM像シミュレーション (シャペロニンは、縦140[Å]、横140[Å]、高さ200[Å]の籠のような形をした高分子です。AFM画像によって、籠の上部の穴を再現します。)

使い方動画

計算手順書(Excelファイル)

試料形状データ(pdb形式) [pdb形式は、Protein Data Bank (http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do) で提供されるデータファイルの形式です。]

先端が二股になっている不完全な探針の形状データ(cube形式: SPMシミュレータ専用のデータ形式)

シミュレーション実行用プロジェクトファイル [このページで紹介しているGeoAFMシミュレーションを実行するためのデータファイルです。 拡張子"pro"で与えられるファイルです。]

プロジェクトファイル編集画面へ このページで紹介されているプロジェクトファイルに、簡単な編集を行うことができます。 自分の目的に合ったシミュレーションを行えるように、プロジェクトファイルの設定内容を変更することが可能です。

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