連続弾性体AFMシミュレータ: FemAFM

このページでは、連続弾性体AFMシミュレータFemAFMの計算モードの一つである、周波数シフト像モード(femafm_frequency_shift)をご紹介致します。
各計算例を示した項目にリンクが張られています。
そのリンクをたどると、使い方を示した動画やソフトウェアの使用手順を書いた書類を利用することが出来ます。
また、様々な入力パラメータが書き込まれているprojectファイルも、編集画面を通して自由に変更可能です。
試料の形状データをご自分で用意される際の方法は、[試料の形状データの用意の仕方]に記述してあります。
これらの資料を使って、FemAFMの使用の手助けとして下さい。

周波数シフト像モード(femafm_frequency_shift)

周波数シフトを用いる非接触型AFM画像をシミュレートするモードです。
一定の周波数で探針を励振させながら、試料表面を走査して、探針-試料間の相互作用によって引き起こされる共鳴周波数のずれを、2次元平面上にプロットします。
カンチレバー先端の探針が、試料表面から数Å離れて振動した状態で原子間に働く相互作用を測定しつつ、試料表面を走査する状況に対応しています。

[具体的な使用例]　以下のリストから、ご自分の目的に近いと思われるものを、お選びください。

Si(001)表面の周波数シフトAFM像シミュレーション

HOPG(HighlyOriented Pyrolytic Graphite：高配向熱分解黒鉛)上に配置されたラクトン系高分子量ポリマー(CLG：εカプロラクトン・(L)ラクチド・グリコリド共重合体)の周波数シフトAFM像シミュレーション

Collagen(Collagen alpha-1(III) chain)の周波数シフトAFM像シミュレーション

Collagen(COLLAGEN ALPHA 1)の周波数シフトAFM像シミュレーション

[試料の形状データの用意の仕方]
上記のシミュレーションを実行する場合、試料の形状を表現するデータが必要となります。
様々なたんぱく質の形状データが、pdb形式と呼ばれるファイルで、Protein Data Bank http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do から提供されています。
これを利用すると、簡単にシミュレーションが実行可能です。
探針・試料の形状データについてのさらに詳しい内容はこの部分にまとめられています。
Protein Data Bankで計算したい試料が見つからない、或いは、試料の形状データの用意の仕方が分からない場合は、下のメールフォームからメールでご連絡下さい。

[ドキュメント類]

FemAFMの、周波数シフト像モード(femafm_frequency_shift)でのシミュレーションの具体例が、「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、この部分にまとめられています。

FemAFMの、周波数シフト像モード(femafm_frequency_shift)での数値計算パラメータ設定の詳細が、「SPMシミュレータ・リファレンスマニュアル」の、この部分にまとめられています。

FemAFMの、周波数シフト像モード(femafm_frequency_shift)の技術的な詳細に関する説明が、「SPMシミュレータ・ガイドブック」の、この部分、および、この部分にまとめられています。

上記の具体的な使用例のリストの中に、自分の目的に合ったものが見つからない場合は、こちらまでメールでご連絡ください。
なお、このメールには、お客様がどの箇所でつまづいたかを識別するための記号が、「件名」に挿入される仕組みとなっております。