SPMシミュレータには補助機能としてモデリングツールが同梱されます。 このツールは理想表面を持つ薄膜モデルを作成でき、そのデータをシミュレータに利用できる形式で出力します。 主にミクロスケール（DFTB・CG・MD）で使用される原子モデルを作成しますが、一部マクロスケールでも使用することができます。 また、任意の原子の追加・削除・移動の編集を行う事ができます。 その他、モデルに別の分子モデルをインポートする機能や、カーボンナノチューブやフラーレン構造をモデリングする機能も備えています。

モデリングツール実行動画の紹介

１．基本的な操作方法	[動画]   [操作手順書]
２．欠陥を持つグラファイト層モデルの作り方	[動画]   [操作手順書]   [関連ファイル]
３．シリコンクラスターの探針モデルの作り方	[動画]   [操作手順書]   [関連ファイル]
４．"New Slab"タブのその他の機能 ・ミラー指数の設定方法 ・空いている結合の手を水素終端する方法 ・結晶構造情報のAtom Positionsの編集方法	[動画]   [操作手順書]   [関連ファイル]
５．既存のファイルを開く方法、既存のモデルをインポートする方法	[動画]   [操作手順書]   [関連ファイル]
６．モデルの編集方法 ・原子の選択／非選択の切り替え方 ・原子を追加、編集、削除する方法 ・Editモードに特有の、原子群の移動・回転方法 ・原子間結合情報の編集方法	[動画]   [操作手順書]
７．編集操作を元に戻す(undo)、およびやり直す(redo)方法	[動画]   [操作手順書]
８．ツールバーの使い方	[動画]   [操作手順書]
９．カーボンナノチューブ作成プログラムの使い方	[動画]   [操作手順書]