「構造最適化AFM像シミュレータ」では、探針を試料に近づけることによる試料分子の変形を考慮したシミュレーションが可能です。分子内部のエネルギーが最小になるような原子配置を探索することにより、安定な分子構造を求めることができます。

「構造最適化AFM像シミュレータ」は、真空中での計算だけでなく、RISM法を用いて水中での計算も扱うことができます。また、以下に示す5つのスキャンモードがあります。
高さ一定モード
探針を高さ一定で平面上を走査し、探針に作用する力を計算します。
力一定モード
平面上の各位置において、探針に作用する力が設定した値と近くなる探針高さを求めます。 （水中計算は対応していません。）
高さ一定・ノンコンタクトモード
探針を振動させながら高さ一定で平面上を走査し、探針に作用する力を計算します。周波数シフト像を得ることができます。
フォースカーブ測定モード
あるxy位置で探針を試料に近づけ、探針に作用する力を計算します。
力最小モード
平面上の各位置において、探針に作用する力の値が最小になる探針高さを求めます。（水中計算は対応していません。）