MD　先頭画面

このページでは、分子動力学AFM像シミュレータMDをご紹介致します。
各計算モードを示した項目にリンクが張られています。
そのリンクをたどると、その計算モードを使った計算例を見ることが出来ます。
各計算例には、使い方を示した動画やソフトウェアの使用手順を書いた書類が保管されています。
これらの資料を自由に使って、MDの使用の手助けとして下さい。

MDは、分子中のすべての原子についてのニュートン方程式を解いて、分子構造の変化を予測し、そのAFM像をシミュレーションします。
MDは、原子の多体問題を古典力学の範囲で解く点に特徴があります。
MDは、計算過程において、Allingerによって開発されたMM3という古典力場パラメータを用いています。
このため、MM3に含まれている元素しか、MDは取り扱えません。
MM3に含まれる元素のリストが、「SPMシミュレータ・チュートリアル」の、この部分にまとめられています。
MDは、一般に有機分子の性質を調べるのに適していますが、無機化合物にも対応しています。
MDは、フォースカーブをシミュレーション計算できます。
MDは、探針の高さ一定モードで、AFM像をシミュレートできます。
MDは、周波数シフトAFM像をシミュレートできます。
MDは、分子構造に関する緩和計算も可能です。

[計算モードの選択]　MDには、以下の4種類の計算モードが用意されています。
以下のリストから、ご自分の目的に近いと思われるものを、お選びください。

[フォースカーブ測定モード](ForceCurve)	試料の端の原子を固定して、探針を試料に近づけます。探針は、近付ける過程のみを考慮し、遠ざける過程は考慮しません。その際の、試料分子の変形とフォースカーブを予測します。
[高さ一定モード](ConstZ)	高さ一定で探針をスキャンさせます。その際の、探針が感じる力をプロットして、AFMシミュレーション画像と見なします。
[高さ一定・ノンコンタクトモード](NC_ConstZ)	高さ一定で、探針と試料は非接触の状態で、探針をスキャンさせます。その際の、周波数シフトAFM像をシミュレーションします。
[緩和計算](relaxation)	試料中の固定する原子と、動かす原子を指定して、構造緩和計算を行います。温度を指定することもできます。緩和された分子構造が、最終的に得られます。